W strukturze CEP wyodrębniono cztery Działy:
- Dział Zoologiczny – kustosz dr Rafał Garlacz
- Dział Geologiczny – kustosz dr Bartłomiej Kajdas
- Dział Antropologiczny
- Dział Paleobotaniczny – kustosz dr Sławomir Florjan
Zgodnie z Regulaminem CEP do zadań Działów należy:
- sprawowanie opieki nad zbiorami naukowymi i dydaktycznymi oraz ich pozyskiwanie;
- promowanie badań naukowych oraz procesu dydaktycznego prowadzonych z wykorzystaniem zbiorów zdeponowanych w Centrum;
- opracowywanie pod względem merytorycznym wystaw stałych i czasowych związanych z tematyką przyrodniczą na potrzeby dydaktyczne.